Ngày 10 tháng 02 năm 2009 Bộ tài chính đã ban hành Thông tư số 29/2009/TT-BTC quy định về mức thu, chế độ thu nộp, quản lý, sử dụng lệ phí cấp giấy chứng nhận quyền tác giả, quyền liên quan. Thông tư này có hiệu lực từ ngày 27/03/2009.

Theo quy định tại Thông tư này, tổ chức, cá nhân trong nước và tổ chức, cá nhân nước ngoài khi được cơ quan quản lý nhà nước về bảo hộ quyền tác giả cấp giấy chứng nhận đăng ký quyền tác giả và giấy chứng nhận đăng ký quyền liên quan đều phải nộp lệ phí.

Tuỳ thuộc từng loại hình tác phẩm/đối tượng quyền liên quan mà có mức lệ phí đăng ký khác nhau. Mức thu lệ phí thấp nhất là 100.000 đồng, áp dụng đối với cấp giấy chứng nhận quyền tác giả cho các tác phẩm văn học, khoa học, sách giáo khoa, giáo trình và tác phẩm khác được thể hiện dưới dạng chữ viết hoặc ký tự khác; bài giảng, bài phát biểu và bài nói khác; tác phẩm báo chí, tác phẩm âm nhạc, tác phẩm nhiếp ảnh. Mức lệ phí mức cao nhất là 600.000 đồng, áp dụng cho việc cấp giấy chứng nhận quyền tác giả đối với các chương trình máy tính, sưu tập dữ liệu hoặc các chương trình chạy trên máy tính.
Ngoài ra, còn có các mức thu lệ phí cấp giấy chứng nhận quyền tác giả, quyền liên quan từ 200.000 đồng đến 500.000 đồng tương ứng với từng loại tác phẩm đăng ký, đối tượng quyền liên quan đăng ký.

Các mức thu nêu trên áp dụng đối với việc cấp giấy chứng nhận đăng ký quyền tác giả, quyền liên quan lần đầu. Trường hợp xin cấp lại, phải nộp 50% mức thu lần đầu đối với từng loại tác phẩm tương ứng.

Trường hợp giấy chứng nhận đăng ký quyền tác giả, quyền liên quan bị thu hồi, hủy bỏ hiệu lực thì Cục bản quyền tác giả không phải hoàn trả lệ phí đã thu.